ازبکستان و قرقیزستان سر تعلق این قطعه زمین و نواحی در اطراف آن اختلاف دارند. به عقیده طرف قرقیزستانی، ازبکستان با اعزام پرسنل و تکنیک نظامی توافق خاصله را نقض کرد
گفتنی است که حوادث ناگوار در مرز قرقیزستان و ازبکستان به صورت منظم رخ می دهد. علت، این است که امتداد 300 کیلومتری این مرز از دوره شوروی بین طرفین هماهنگ نشده و آنها راجعبه تعلق آنها نزاع کرده و به مصالحه تن در نمی دهند.
اختلاف کنونی ممکن است سر آبگیر "ارتو — توکوب" در گیرد. تاشکند بر آن است که این واحد استراتژیک و دارای محل کار برای ده ها هزار نفر از اتباع قرقیزی و ازبکی به ازبکستان تعلق دارد زیرا در 1941 با پول آن کشور ساخته شده بود. ولی به عقیده قرقیزستان از آن این کشور است چون در اراضی آن قرار دارد.
این حدس هم هست که تنش کنونی مرزی کار دست افراد ذینفع در بیشکک و تاشکند است زیرا حل نشدن مساله مرزی برای آنها امکان می دهد که با قاچاق اجناس از مرز، پول در بیاورند، بعلاوه آنها با تحریک این اختلاف می توانند تنش را بیشتر کرده و توجه مردم را از مسایل داخلی به به مشکلات خارجی منتقل کنند. ممکن است که بازیگران خارجی نیز این قصد داشته باشند که این مساله کلا حل نشده و وضع بینابینی کنونی حفظ شود. در این رابطه بیشتر به عربستان سعودی اشاره می کنند. موجودیت مسایل مورد اختلاف در دره فرغانه مانند کم آبی و نیز فقر و ناداری و تحصیلات بد اهالی آن و توسعه ایده های رادیکال فیتیله هایی می باشدند که بوسیله آنها این دره می تواند مانند بشکه باروت منفجر شود. مردم ساکن مناطقی واقع در هر دو سوی مرز از بابت حل نشدن مسایل مرزی رنج می برند.
"آلکساندر کنیازف" کارشناس در امور آسیای مرکزی و خاور میانه می گوید: بر کسی پوشیده نیست که مردم قرقیزستان گروه های کوچک افراطی تشکیل می دهند و هدف آنها کشور های همجوار می باشند. وی گفت: "مدت ها است که قرقیزستان پایگاه این گروه ها شده و به این خاطر برخورد محتاطانه همسایگان به آن قابل توضیح است. من می دانم که امکان سخت تر کردن رژیم مرزی با قرقیزستان نه تنها در تاشکند بلکه در پایتخت های کشور های همسایه نیز بررسی می شد. چین هنگام جشن های ملی خود مرز با قرقیزستان را محکم می بندد. در اوضاع و احوال کنونی با در نظر داشت بی ثباتی در قرقیزستان ازبکستان این کار را کرده است. به گفته این کارشناس،علت استقرار نیرو های ازبکستان در بخش مورد اختلاف مرز چگونگی اوضاع در اراضی این سرزمین است که امکان می دهد این حوزه مرزی در صورت تلاش تخلف آن از سوی قرقیزستان کنترل شود و هیچ اساسی نیست که تلاش های کشور های خارجی در این اعمال جستجو شود. ولی شاید ممکن است که تروریست های فرضی قرقیزی از سوی سرپرستان ترکیه یا کشور های عرب به این کار تشویق شده باشند".
سیاست شناس ازبکستانی "رفیق سیفوللین" هنچنین بر آن است که علت اصلی بروز اختلافات، حل نشدن مسایل مرزی است و زد و خورد های کوچک به رویارویی مقیاسی بدل نخواهند شد. وی به روزنامه "نراویسیمایا گازتا" گفت: اختلاف ها "نه تنها میان قرقیز ها و ازبک ها بلکه بین قرقیز ها و تاجیک ها و میان تاجیک ها و ازبک ها وجود دارند. هر نزاعی در حوزه مرزی می تواند به اختلاف منجر شود". به عقیده او به همین خاطر ازبکستان به آن ناحیه دسته اضافی مرزی برای جلوگیری از موارد ناگوار فرستاده. رفیق سیفوللین گفت: "در تاشکند برآن هستند که بیشکک برای مقابله با اسلامگرایان و داعش که در روسیه ممنوع شده اقدام های برابر اتخاذ نمی کند. همه می دانند که گرایش های منفی در قرقیزستان رو به افزایش است. افراد زیادی از میان جوان ها وارد داعش می شوند. در بیشکک اینرا می دانند و کتمان نمی کنند. تاشکند با وجود این مسایل قصد ندارد موقعیت را تیره کرده و برای اتباع قرقیزستان روادید وضع کند. آنها می توانند بدون توضیح علل در ازبکستان بمانند. ولی این گونه انعطاف پذیری آن کشور را مجبور می کند که هوشیاری دوبرابر را در مرز به خرج دهد".
