اولین درگیری جدی در مناسبات معاصر روسیه و آمریکا در سال 1999 میلادی با آغاز مداخله ناتو به ریاست آمریکا در امور یوگسلاوی بروز کرد. مسکو از همان ابتدا، بمباران یوگسلاوی را به عنوان یک اقدام تجاوزگرانه در نظر گرفت. اولین واکنش، لغو سفر رسمی یوگنی پریماکوف، وزیر امور خارجه آن زمان روسیه به آمریکا بود. که بر فراز اقیانوس اطلس به نشانه اعتراض نسبت به آغاز بمباران یوگسلاوی دستور بازگشت به مسکو را داد. فدراسیون روسیه بطور موقت هر گونه همکاری با ناتو را متوقف کرد.
عملیات ضد عراق در ماه مارس سال 2003 میلادی باعث وخیم شدن جو مناسبات روسیه — آمریکا شد که پیامد آن حمله نیروهای آمریکا به عراق بود. کارزار نظامی در عراق با درک رهبری و افکار عمومی روسیه مواجه نشد. از نظر آنها، اهداف آمریکا در جنگ با تصرف منابع نفتی و تحمیل نقطه نظر خود در باره نظم جهانی بدون توجه به نقش سازمان ملل انجام شده است.
آمریکا بارها سعی کرد از درگیری های منطقه ای به نفع خود استفاده کند و « انقلاب های رنگین» را برای دستیابی به اهداف خود طراحی کرد. توجه آمریکا به فضای اتحاد شوروی سابق متمرکز شده بود. در سال 2003 میلادی تکنولوژی « انقلاب های رنگین» توسط آمریکا در گرجستان امتحان شد. میخائیل ساآکاشویلی که به جای ادوارد شواردنادزه روی کار آمد از سیاست آشکار آمریکایی پیروی می کرد و بطور مستقیم از ساختارهای جورج سوروس پول می گرفت. اجرای « انقلاب های رنگین» آمریکا در ازبکستان و قرقیزستان در سال 2005 میلادی به اهداف خود نرسید. شواهد شرکت وزارت امور خارجه آمریکا در بی نظمی ها در ملداوی در آوریل سال 2009 میلادی نیز وجود دارد.
در ماه اوت سال 2008 میلادی بخش جدید مقابله روسیه و آمریکا با حمله نیروهای گرجی به اوستیای جنوبی مرتبط بود. روسیه به دفاع از ساکنان اوستیای جنوبی برخاست و پس از 5 روز عملیات جنگی، نظامیان گرجی را از آنجا بیرون راند. بسیاری از ساکنان اوستیای جنوبی شهروندی روسیه را دریافت کردند. آبخازی نیز که از سال 1993 میلادی عملا مستقل از گرجستان بود نیروهای گرجی را از بخش فوقانی تنگه « کودور» بیرون راند. روسیه 26 ماه اوت سال 2008 میلادی استقلال دو خودمختاری که در ترکیب گرجستان قرار داشتند و تا قبل از فروپاشی اتحاد شوروی می خواستند مستقل شوند را برسمیت شناخت. ایالات متحده نتوانست هیچ گونه کاری در مقابل موفقیت روسیه در جنگ بر علیه متحد خود، گرجستان به انجام برساند و مجبور شد گسترش ناتو در فضای مابعد شوروی را متوقف سازد.
اعتماد بین روسیه و آمریکا پس از سرنگونی معمر قذافی و کشتن او که غرب در آن حوادث دست داشت بطور جدی خدشه دار شد. در زمان حاضر، لیبی دوره بحران را سپری می کند. در نتیجه اختلافات، دو گروه در کشور حکومت می کنند: گروهی که در انتخابات عمومی پارلمان انتخاب شده است و از سوی دیگر کنگره ملی سراسری اسلامی. درعین حال بعضی از مناطق لیبی خارج از کنترل مقامات مرکزی قرار دارند که گروهبندی کشور اسلامی « داعش» هر چه بیشتر آن مناطق را تصرف می کند. به ارزیابی وزارت امور خارجه روسیه هرج ومرج کنونی در لیبی پیامد مستقیم دخالت غیر مسئولانه آمریکا و متحدان آن در ناتو در درگیری های داخل لیبی برای سرنگونی رژیم معمر قذافی با هدف « دمکراتیک سازی« اجباری کشور است.
کمک روسیه به ایران در اجرای برنامه هسته ای خود یکی از اصلی ترین مسائل مشکل ساز بین روسیه و آمریکا شد. آمریکا در رابطه با ایران از طریق سازمان ملل متحد و بصورت دو جانبه تحریم هایی برقرار کرد که ضرر زیادی به اقتصاد کشور وارد آورد. روسیه وضع تحریم ها بر علیه ایران را به عنوان روش موثر حل و فصل مسأله نپذیرفت و بر ضرورت تلاش های دیپلماتیک اصرار ورزید. 14 ماه ژوئیه سال 2015 میلادی مذاکرات بین ایران و « گروه شش» میانجیان بین المللی در مذاکرات با تصویب نقشه عمل جامع مشترک به پایان رسید که اجرای مفاد آن بطور کلی تحریم های اقتصادی و مالی وضع شده از سوی شورای امنیت سازمان ملل ، آمریکا و اتحادیه اروپا را لغو خواهد کرد.
بحران سوریه یکی از جدی ترین چالش ها برای جامعه جهانی در سالهای اخیر شده است. بین المللی کردن بیسابقه بحران با حمایت اپوزیسیون منطقه ای و خارجی ، در وهله اول آمریکا و بازیگران خارجی ضد بشار اسد، موجب گسترش آن شد. حمایت خارجی باعث فعال شدن سازمان تروریستی « کشور اسلامی» شد. خودداری آمریکا از همکاری با دولت سوریه یکی از مسائل عمده در مبارزه با تروریست های « کشور اسلامی » (داعش) است.
اختلاف نظر در ارزیابی اوضاع در اوکراین تأثیر منفی بر جو مناسبات روسیه — آمریکا گذاشت. 22 ماه فوریه سال 2014 میلادی در اوکراین غصب زورگویانه قدرت رخ داد. پارلمان اوکراین قانون اساسی را تغییر داد و رئیس جمهور را برکنار کرد و انتخابات جدید ریاست جمهوری را اعلام کرد. مسکو اعلام کرد که قانونی بودن این تصمیمات مشکوک است. کریمه و تعدادی از شهرهای واقع در جنوب — شرق اوکراین نیز قانونی بودن انتخابات را قبول نکردند و تصمیم گرفتند رفراندوم در باره سرنوشت آتی مناطق برگزار شود. کریمه و سواستوپول به عنوان عناصر روسیه وارد ترکیب فدراسیون روسیه شد ند. ساکنان دونتسک و لوگانسک خواستار تشکیل « جمهوری های مردمی» شدند و اعلام استقلال کردند که در کی یف آن را برسمیت نشناختند. آمریکا که از عملکرد روسیه در جریان بحران اوکراین خوشش نیامد دست به تحریم های ویزا، مالی و دارای تعدادی از شخصیت های رسمی روسیه ، نمایندگان مجلس فدرال و کارفرمایان و حتی شرکت ها و بانک ها زد.
باراک اوباما، رئیس جمهور آمریکا با سخنرانی در مجمع عمومی سازمان ملل اعلام نمود که مهمترین خطر جهانی در زمان حاضر ویروس « ابولا»، عملیات روسیه در اروپا و تروریست ها در سوریه و عراق است. وزارت امور خارجه روسیه معتقد است که تلاش برای گذاشتن علامت مساوی بین عملکرد روسیه در اوکراین و کشور اسلامی (داعش) بار دیگر گواه تعهد آمریکا و متحدان آن کشور در ناتو در کاربرد « استاندارد دوگانه» به نفع اجرای نقشه های ژئوپلیتیکی خود است و آشکارا از چارچوب نزاکت خارج می شود.
