او از سال 1996 تا 2001 میلادی رهبری طالبان را به عهده داشت، و از دسامبر 2001 پس از سرنگونی حکومت طالبان توسط نیروهای ائتلافی ضد تروریستی، در میان کوها های بین افغانستان و پاکستان مخفی شده بود.
در نشست خبری کابل، یک نماینده دولت کابل گفت: «ما از طرف پاکستان و جنبش طالبان تاییدیه گرفته ایم که ملا عمر دو سال پیش در اثر بیماری جان خود را از دست داده است». از سخنان این نماینده افغان چنین بر می آید که ملا عمر در بیمارستانی در شهر کراچی از دنیا رفته است.
در طول سال های اخیر خبر مرگ ملاعمر که کسی به چشم ندیده بود، چندین مرتبه تکذیب شده است. اما خود او برای طالبان به شخصیتی افسانه ای بدل شده که گاه و بیگاه در سخنان خود در اینترنت از او یاد می کنند. با اینحال، این مرتبه سخنان نماینده کابل و منابع پاکستان برای اولین بار در واشنگتن به تایید رسید.
اِریک شولتس نماینده رییس جمهور در کاخ سفید می گوید: «خبر مرگ ملاعمر برای ما مستند است».
جنبش «طالبان» شب گذشته خبر مرگ او را با کمی تاخیر اعلام کردند. از سخنان طالبان چنین بر می آید که شب پنج شنبه در شورای عالی جنبش طالبان، ملا اختر منصور به جای ملاعمر انتخاب شد. او تا آخرین لحظه دست راست ملا عمر بود.
واکنش طالبان به شرایط حول جریان ملاعمر کاملا متناقض است. یادآور می شویم که اوایل هفته جنبش طالبان سخنانی را از طرف ملاعمر زنده بیان کردند که در آن رهبر طالبان برای اولین بار موافقت خود را برای مذاکره با مقامات افغانستان اعلام کرد و این جمعه در پاکستان سخنان او را «قانونی» نامیدند.
حوادث بعدی باز هم کمتر با منطق می خواند. پس از انتشار سخنان مقامات افغانستان در خصوص اینکه ملاعمر دو سال پیش از دنیا رفته، طالبان بلافاصله جانشین او را تعیین کردند. ظاهرا دو سال تمام طالبان از مرگ رهبر خود خبر نداشتند و به واسطه مقامات کابل از این جریان مطلع شدند. یک اختلاف دیگر این است که چند روز پیش طالبان آمادگی خود را برای برگزاری دور دوم مذاکرات با مقامات افغانستان در آخر این هفته اعلام کردند، اما شب گذشته به یک باره عقب گرد نمودند. به خاطر سخنان نمایندگان طالبان در خصوص مرگ ملاعمر، زمان مذاکرات عقب افتاد.
کارشناسان روس معتقدند که موج اخبار راجع به مرگ ملاعمر و تناقضات در واکنش ها گواه آن است که در مناسبات طالبان و کابل تغییرات رادیکال صورت خواهد گرفت. ضمن اینکه خودِ جنش «طالبان» دچار سردرگمی شده است.
انتشار اخبار درباره مرگ ملاعمر دقیقا امروز در کابل صورت گرفت، زیرا ضرورت تسریع روند همگرایی بخش میانه روی طالبان با روند سیاسی پیش آمد. ظهور این اطلاعات در آستانه مذاکرات در پاکستان بی دلیل نبوده است. در کابل با اعلام مرگ ملاعمر که 14 سال مبارزه مسلحانه کرده، سعی داشتند فرمت «طالبان» را تغییر دهند. ولادیمیر سوتنیکوف کارشناس ارشد علمی انستیتوی خاورشناسی روسیه معتقد است که در جریان این پروسه باید آشتی داخلی افغانستان رخ دهد، مقامات با طالب های میانه رو اشتی کنند و غیرمیانه روها را کنار بزنند. به گفته ویف تناقض در گفتار طالبان به خاطر چشم انداز گفتگوهای صلح آمیز با کابل، نشانه از دست رفتن موضع واحد و شکاف رو به گسترش در بین جنبش طالبان است که مرگ ملاعمر می تواند کاتالیزور آن شود.
