زندان قصر در ابتدا به نام "بستان خرم آباد" نامیده می شد، که در کنار جاده قدیم ری به شمیران واقع شده است. در سال 1798 میلادی با احداث بنایی مجلل در این محل ، آنرا " قصر" نامیدند. حدود یک قرن بعد با احداث بنا های جانبی این محل به زندان تبدیل شد و در سال 1929 میلادی با توسعه این بنا اولین زندان نوین ایران با نام زندان قصر راه اندازی شد. در سال 2012 میلادی این زندان تبدیل به باغ موزه زندان قصر شد. بخش سیاسی این زندان در سال 1950 میلادی با انتقال کلیه زندانیان سیاسی از سراسر کشوربه تهران و افزایش تعداد آنها در پایتخت، در بخش شمالی زندان عمومی زندان قصر، ساختمان جدید احداث شد.