به گفته وکیل کوکبی، وی نزدیک به 5 سال از ده سال حبس تعیین شده را در زندان بسر برده است و پیش از پایان دوره محکومیت از زندان آزاد شد. کوکبی در حال حاضر برای اتمام تحصیلاتش در دانشگاه تگزاس آماده می شود. در ماه فوریه 2011 وی به ایران برگشت تا خانواده خویش را ببیند و در فرودگاه هنگام بازگشت به امریکا بازداشت شد. مقامات ایران اعلام کردند که جرم کوکبی ارتباط با دول خارجی متخاصم و دریافت مقادیر مالی غیرقانونی است.
کوکبی توضیح داد که دلیل واقعی دستگیری او خودداری عدم موافقت وی برای همکاری با ماموران امنیتی ایران در برنامه های تحقیقات نظامی آنها بوده است.
وکیل مدافع حقوق بشر و نمایندگان جامعه علمی دنیا برای آزادی کوکبی چندین مرتبه تلاش های زیادی کردند.